Описанная выше проблема усугубилась после исправления ошибок и попытке повторного рендеринга. Несколько клипов в конечном видеофайле оказались всё равно увеличенными на 300%, хотя я всё дважды проверил перед выводом Но, на этот раз, опции настроек масштаба и Fit to Full Screen не изменились. В конце рендеринга, в файле отчёта нашёл запись, которая гласила, что Media Encoder CC 2014 не смог записать данные в файл XMP. Какие именно, не упоминалось. Замечу, что исправленный проект был дважды сохранён (на всякий случай) и получил соответствующее название.
Проблему удалось решить с помощью вывода проекта напрямую из Premiere (Ctrl+M).
Подозреваю, что эта ошибка вызвана некоторой последовательностью действий при создании проекта. Дело в том, что с клипами, опции которых сбились, я проделывал больше всяких нестандартных действия, чем с остальными. В частности, больше раз группировал и линквовал в процесс использования обработки звука в Audition. Возможно, где-то на этом этапе и произошёл сбой. Но, это только предположение.